La plupart des environnement de bureau s'appuient sur les recommandations du freedesktop.org en ce qui concerne la gestion des entrées (les applications) du menu.

Elles (lancées à partir d'une console, ou en graphique) reposent sur un fichier .desktop (généralement on les retrouve dans le dossier /usr/share/applications/, mais pas que ¹⁾).

On peut vouloir modifier les entrées du menu, pour cela on va se référer au dossier XDG_DATA_HOME (cela correspond au répertoire caché, ~/.local/share/).

Par exemple si l'on souhaite ne pas voir une entrée dans le menu, il suffit de copier le .desktop (celui situé dans le dossier /usr/share/applications/ dans le dossier ~/.local/share/applications/ ²⁾ et rajouter cette ligne au fichier :

[...]
NotShowIn=MATE;

Dans cet exemple c'est le bureau MATE, qui est utilisé.

Pour connaître le nom du bureau actuellement en fonctionnement, il faut afficher dans une console la variable suivante :

echo $XDG_CURRENT_DESKTOP

Certains langages (par exemple Python, Ruby, R, etc.) sont accessibles à travers une console interactive. Pour pouvoir lancer ce shell, il faut disposer d'un terminal ³⁾.

Par exemple pour lancer l'interpréteur Python3 avec un bureau sous GNOME :

python3.desktop

#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Python3
Name[fr_FR]=Python3
Comment=Launch the Python interpreter
Icon=application-x-executable
OnlyShowIn=GNOME;
Exec=gnome-terminal --hide-menubar --title=Python3 --window -e python3
Terminal=true
Categories=Development;GTK;ConsoleOnly;
StartupNotify=false

La particularité, il faut rendre ce fichier exécutable (un simple chmod +x fait l'affaire). Un autre point important à remarquer, il fait appel à l'utilitaire xdg-open (première ligne, shebang).